TUTORIAL SOFTWARE GAMGI

TUTORIAL SOFTWARE GAMGI

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom. GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll Ini bertujuan untukmenjadi berguna untuk: masyarakat ilmiah bekerja di Pemodelan atomistik yang membutuhkan grafis antarmuka untuk membangun input data dan untuk melihat dan menganalisis data output, dihitung dengan Ab initio-dan Molekuler Mekanika program, komunitas ilmiah di bidang kimia belajar yang besar, fisika, ilmu material, geologi, dll, yang membutuhkan antarmuka grafis untuk melihat dan menganalisis atom struktur informasi dan untuk mempersiapkan gambar untuk presentasi di kelas dan seminar, mengajar kimia dan fisika di sekolah menengah dan perguruan tinggi, ilmu promosi di sekolah-sekolah, pameran dan museum ilmu pengetahuan.

Cara menggunakan GAMGI adalah sebagai berikut..

1. Buka aplikasi menu gamgi  maka akan terlihat tampilan di bawah  ini:

di dalam apliksai Gamgi terdapat  menu tutorial penggunaannya. Untuk memunculkan menu tutorial adalah Klik Help-Tutorial, maka akan muncul seperti dibawah ini 

2. Kesempatan kali ini kita akan mencoba untuk membuat bentuk kristal NaCl. Tutorial yang tampak adalah:

Dengan Tutorial tersebut sedikit membantu kita dalam pembuatan struktur NaCl.

Untuk membuat cell maka kita harus klik cell-create-. Maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. Isi sesuai dengan tutorial   

Sedangkan untuk tampilan “atom-create” muncul tampilan seperti dibawah ini. Untuk mengisi data-data tersebut. Anda harus klik table:

Setelah saat Anda Klik Table maka muncul tampilan seperti di bawah ini. Pilih atom Na

Tampilan yang akan muncul adalah seperti di bawah ini

============================================================

TUTORIAL MOLECULE SHAPES

TUTORIAL MOLECULE SHAPES

Berikut contoh sederhana hasil screen capture molekul air dengan simulasi Molecule and Shapes dari Phet Colorada. 

Kali ini kita tidak akan membuat, namun kita akan memilih yang sudah ada. Begitu simulasi terbuka kita langsung melihat model bentuk molekul, karena secara default kita berada pada Model. Untuk “Real Molecules” kita tinggal pilih molekul yang sudah dibuatkan oleh pembuat simulasi.

Pada tampilan “Model” kita bisa mencoba membuat berbagai bentuk molekul sesuai kebutuhan kita, kita dapat menambahkan ikatan menampilkan atau tidak menampilkan pasangan elektron bebas yang ada. Semua secara otomatis akan menempatkan diri pada posisi yang paling mungkin. Kita pun dapat melihatnya dari berbagai sisi karena kita dapat memutar molekul yang kita buat atau kita tampilkan. Juga dapat pula menampakkan sudut ikatan setiap molekul. Tinggal klik dan klik saja jadi. Sementara di tampilan “Real Molecules” kita tinggal pilih bentuk molekul sesuai nama senyawanya.

=========================================

TUTORIAL APLIKASI JMOL

TUTORIAL APLIKASI JMOL

Jmol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Contoh sudah jadinya seperti ini...

Untuk langkah-langkah yang perlu diperhatikan dalam pembuatan yang seperti pada gambar diatas. yuk kita lihat tutorialnya...

1. Membuka jmol dengan tampilan polos.

2. Lalu pada menu tool bar nya klik pada gambar ikon “Open the model kit“

Setelah di klik akan muncul seperti dibawah ini..

ini merupakan senyawa CH4

3. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang tempat di layar yang berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senyawanya. Digambar saya memilih senyawa CH3NO2.

=====================SELAMAT MENCOBA :) ======================

TUTORIAL APLIKASI GDIS

TUTORIAL APLIKASI GDIS

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Aplikasi GDIS ini memiliki fitur diantaranya sebagai berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral)

Pada tutorial aplikasi GDIS ini misalnya saja kita akan membuat bentuk molekul sederhana yaitu molekul air. caranya dapat diperhatikan sebagai berikut :

1. Buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

2. Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

3. Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilih Display pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan maka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda.

======================SELAMAT MENCOBA :) ======================

TUTORIAL APLIKASI EASYCHEM

TUTORIAL APLIKASI EASYCHEM

Easychem chemical structure editor adalah aplikasi untuk menggambar struktur 2D ikatan kimia. Instalasi bisa langsung lewat Ubuntu Software Center. Aplikasi ini sangat mudah digunakan, disediakan fungsi Help untuk format penulisan senyawa-senyawa kimia dari yang sederhana hingga yang kompleks. Dari ikatan tunggal, ikatan rangkap, hingga ikatan siklo bisa digambar dengan mudah menggunakan aplikasi ini.

=================================================

TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW

TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW

Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. Fungsi dari aplikasi ChemDraw ini diantaranya membuat nama dan struktur senyawa,. Membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

Setelah berhasil melakukan installasi ChemDraw 11 maka pada PC akan terlihat program baru yang bernama ChemBioOffice 2008 yang di dalamnya terdapat ChemDraw Ultra 11.0. Klik ChemDraw Ultra 11 maka akan tampil gambar sebagai berikut:

Misalnya ingin mengetahui nama struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃
Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

      1. Buat struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ pada lembar ChemDraw

      2.   Pilih structure pada bagian toolbar

      3. Pilih structure convert to name

      4. Setelah itu nama dari senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ akan muncul seperti gambar dibawah ini.

Sebaliknya ChemDraw juga dapat menggambarkan struktur suatu senyawa dari nama senyawa tersebut. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1.      Tulis nama suatu senyawa pada lembar ChemDraw

2.      Pilih structure pada bagian toolbar

3.      Pilih name convert to structure sesuai (IUPAC)

========================SELAMAT MENCOBA :)=======================

TUTORIAL APLIKASI QUTE MOL

TUTORIAL APLIKASI QUTE MOL 

Qutemol merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.

Aplikasi  ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas  sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.

Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini  dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb)dan yang perlu langkah-langkah yang perlu dilakukan adalah sebagai berikut :

1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:

   2.  Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.

   3.  Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb

    4.  Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.

    5.  Pada tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang kita amati sesuai dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah dengan memilih(klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .

6.  Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.

7.   Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.

8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.

     9.    Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png

=====================SELAMAT MENCOBA :) ======================

TUTORIAL CHEMICAL CALCULATOR

TUTORIAL CHEMICAL CALCULATOR

Aplikasi GChemCalc adalah kalkulator sederhana untuk kimia. Mem-parsing rumus kimia untuk menghitung rumus baku, berat molekul, komposisi massa dan pola isotop. Untuk memulai menggunakan apilaksi ini, yuk kita lihat cara mengoperasikannya..

1. Untuk Mulai GChemCalc

 Anda dapat memulai GChemCalc dengan cara berikut:

daftar aplikasi

Pilih "Chemical kalkulator". Mungkin terdaftar baik dalam kategori Pendidikan atau Ilmu.

command line

Jenis gchemcalc [rumus], lalu tekan Kembali. [Formula] singkatan formula kimia opsional.

 2.  Ketika Anda Mulai GChemCalc

Ketika Anda mulai GChemCalc, jendela berikut akan ditampilkan:

The GChemCalc Jendela mengandung unsur-unsur berikut:

• Menubar
  Menu pada menubar berisi semua perintah yang Anda butuhkan untuk bekerja dengan GChemCalc.
• Entri Formula
  Ini adalah di mana Anda dapat mengetik rumus.
• Hasil
  Tiga baris selanjutnya memberikan formula dimasukkan sebagai diurai oleh GChemCalc, rumus baku dan berat molekul.
• Buku catatan : Halaman pertama dari notebook memberikan analisis sebagai persen massa unsur formula saat ini. Halaman kedua menampilkan pola isotop. Halaman ini tersembunyi ketika formula kosong.

3.  Memasuki rumus

Rumus dapat dimasukkan dari baris perintah, dari GChemPaint, atau langsung di entri rumus. Bila menggunakan entri rumus, ketik formula yang valid seperti dalam contoh berikut:

setelah memvalidasi, jika formula telah berhasil diurai, Anda mendapatkan:

Pola isotop ditampilkan pada halaman kedua notebook:

Jika terjadi kesalahan saat parsing formula, kotak pesan akan muncul dan kursor akan pindah masuk ke posisi kesalahan.

4.  Fitur

      GChemCalc mendukung kurung dan kurung untuk setiap tingkat diberikan masing-masing cocok seperti dalam contoh berikut:

Singkatan seperti "Ph" untuk substituant fenil yang didukung.
Hal ini juga berlaku untuk singkatan seperti Pr yang mungkin mewakili baik atom praseodymium atau kelompok propil. Tiga pilihan yang tersedia dalam menu Mode:

• kira
  GChemCalc mencoba menebak jika simbol merupakan atom atau kelompok, PrCl dianalisis sebagai propil klorida, sedangkan PrCl3 adalah praseodymium klorida; Namun, metode ini mungkin gagal dalam beberapa kasus seperti PrPr3 yang tidak akan diakui sebagai trypropylpraseodymium, setidaknya dengan versi GChemCalc.
• atom
  Simbol ambigu ditafsirkan sebagai atom.
• julukan
  Simbol ambigu ditafsirkan sebagai kelompok. Julukan kustom dapat didefinisikan dengan menggunakan aplikasi GChemPaint. 

5. Untuk Cetak Pola Grafik isotop

      Untuk mencetak pola grafik isotop, pilih File ▸ Print ....
File ▸ Preview membuka jendela dengan preview hasil cetak.
Untuk menyempurnakan hasil cetakan, setup chooseFile ▸ Page ... seperti yang dijelaskan di bawah ini.
Dialog halaman setup.

6. Dialog halaman setup.

      Tab pertama dialog menyangkut kertas dan margin setup. Header dan footer tidak didukung dalam versi GChemCalc

Tab kedua memungkinkan Anda untuk memilih skala output. Dengan tidak skala atau skala 100%, output akan memiliki ukuran yang sama dalam poin sebagai ukuran dalam pixel pada layar. Jika Anda memilih skala otomatis, Anda dapat membuat output mengisi ruang yang tersedia baik horisontal, vertikal, atau keduanya (tidak ada pilihan setara dengan tidak ada skala).

7.  Mencetak lebih dari satu halaman tidak didukung dalam versi ini GChemCalc

Ekspor Pola isotop sebagai gambar.
Untuk mengekspor pola isotop ditampilkan kepada gambar, menggunakan File ▸ Save As Image.
Format yang tersedia adalah SVG, EPS, PS, PDF, dan format dengan dukungan menulis di GdkPixbuf.
Untuk memilih format, Anda dapat menggunakan ekstensi yang sesuai dalam nama file, atau secara eksplisit memilih format dalam kotak combo. Dengan metode pertama, jika GChemCalc tidak mengenali ekstensi, file yang diekspor akan menjadi file SVG. GChemCalc akan menambahkan ekstensi ke nama file jika diperlukan.
Anda mungkin mengubah lebar standar dan tinggi gambar diekspor dengan menggunakan entri yang sesuai.
Postscript dan file PDF juga dapat diproduksi dengan menggunakan File ▸ Print ... perintah.

8. Menyalin Pola Grafik isotop.

Untuk menyalin pola grafik isotop, pilih Edit ▸ Copy dan paste di aplikasi target. Grafik akan disalin dalam grafik asli Abiword dan sebagai svg atau png data ke aplikasi lain yang mendukung format tersebut.

=================SELAMAT MENCOBA :) ===================

TUTORIAL APLIKASI CHEMTOOL

TUTORIAL APLIKASI CHEMTOOL

Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah.

yuk sekarang kita belajar cara menggunakan aplikasi CHEMTOOL....

1. Buka aplikasi chemtool maka muncul tampilan seperti di bawah ini: 

2. Untuk memulainya klik menu tools-tempaltes maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. Tampilan templates-carboncycles.pilih struktur yang dikehendaki

3. Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan

Untuk templates heterocycles maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates amino acids maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates symbols maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

4. Memilih salah satu yang diinginkan. Cara memilihnya mudah sekali, misal saya menginginkan struktur glukosa, maka hanya mengeklik strultur glucose yang ada di tempaltes sugars dan hasilnya adalah:

Selain struktur yang sudah disediakan tadi. Anda juga bisa mengambar sendiri strukur yang Anda kehendaki. Semisal ingin membuat sikloheksana, maka caranya adalah klik

5. Kemudian untuk memberi namanya adalah klik seperti yang ada di gambar dibawah ini..

==================SELAMAT MENCOBA :)================