TUTORIAL APLIKASI AVOGADRO
Avogadro adalah software kimia gratis, open source,
tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang
dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan
molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro
yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X.
Aplikasii ini digunakan dalam
kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang
terkait.
Dengan aplikasi ini kita
dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan
sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.
Nah, itu intermezo mengenai software kimia dalam Linux yaitu Avogadro. Sekarang yuk kita belajar cara mengoperasikannya.... ^_^
1. Buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.
option warna yang dapat dipilih.
setelah memilih warna yang sesuai maka hasilnya akan tampak sperti dibawah ini...
2. Mulailah dengan membuat bentuk molekul, cara yang
pertama adalah
klik tool settings. Maka akan muncul
tampilna seperti di bawah ini.
3. Pilih ball and stick pada display types >> tentukan molekul apa akan Anda
gambar.
Semisal Anda inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, pilihlah atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di
C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada
lembar kerja.
Nah, gambarnya sudah jadi :D.. tapi, sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui
sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik
Start.
hasilnya adalah tadaaaa....
4. Melakukan modifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools
settings. Misal, untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya check
pada label yang ada di Display types.
Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”
Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:
sekiaan selamat mencobaa ^_^
===============================================
Tidak ada komentar:
Posting Komentar